Инфицирование хламидиозом происходит чаще половым путем. Вероятность заражения хламидиозом при незащищенном сексе (вагинальном сексе, анальном сексе) составляет 70% - 90%. Новорожденные заражаются при прохождении через родовые пути матери. У таких детей развивается хламидиоз с поражением легких - пневмония, глаз - конъюнктивит, ирит. Внеполовой путь заражения встречается редко,чаще всего через загрязненные инфицированным отделяемым, руки, инструменты, белье, предметы личной гигиены. Это обусловлено быстрой гибелью хламидии вне организма человека.

Диагностика хламидиоза достаточно сложна. По результатам общего мазка (как у мужчин, так и у женщин) можно лишь предположить хламидиоз. При этом заболевании количество лейкоцитов в общем мазке может быть повышено незначительно или вообще не превышать нормы. Для выявления возбудителя используют более точные методы исследования – ПЦР (ДНК-диагностика). Точность ПЦР составляет 90-95%.

Опасность хламидиоза кроется в его малосимптомном течении, часто бессимптомном. Человек в течении нескольких лет может быть носителем хламидий и не знать этого. Между тем, хламидиоз со временем приводит к очень серьезным, подчас необратимым последствиям: цистит, простатит, пиелонефрит, нарушения эректильной функции, бесплодие, гинекологические заболевания матки, шейки матки, придатков.

Хламидиоз может скрываться под маской артритов, коньюктивитов, пневмонии, поражения сердечно-сосудистой системы, что заставляет людей обращаться к терапевтам, офтальмологам, ревматологам, но не к венерологу. Урогенитальный хламидиоз увеличивает восприимчивость к ВИЧ-инфицированию и к другим венерическим заболеваниям. 

Инкубационный период хламидиоза составляет 5 - 20 дней. Далее хламидиоз часто протекает без каких-либо специфичных для него симптомов, его нелегко выявить.